法律分析：
1.参保人不同，城镇医疗（即职工医保）是由职工参保，保费由用人单位和职工共同缴纳，而农村合作医疗（即新农合）主要由农民朋友们参保，是一种互助共济的医疗制度，也属于国家医保；
2.城镇医疗所需要缴纳的保费相对于农村合作医疗来说要高一些；
3.城镇医疗所能报销的费用相对于农村合作医疗来说要高一些；
4.农村合作医疗的起付线相对于城镇医疗来说要低一些。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。