合同无效但工程经验收合格的，承包人可以请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。如果工程经验收不合格，但是经修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用。修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
一、承包人与发包人之间纠纷的处理
承包人与发包人一旦签订了建设工程施工合同，承包人就应当按照合同约定全面履行合同义务。如果承包人非法转包工程项目，从施工合同主体的相对性角度来看，承包人就构成对施工合同的实质性违约，发包人当然可以根据施工合同的约定追究承包人的违约责任并可以依法解除与承包人签订的施工合同。因承包人的非法转包工程行为，造成工期延误及出现工程质量问题的，发包人还可以向承包人提出赔偿要求。
如果承包人是采取挂靠方式非法转包工程的，出借资质的被挂靠施工企业与建设单位所签订的施工合同无效。挂靠人与被挂靠人对建设单位因此而造成的损失承担连带赔偿责任。如果建设单位在知情的情况下，仍然与被挂靠的施工企业签订施工合同的，则建设单位对该转包行为也有过错，建设单位应当承担相应的过错责任。
当承包人非法转包工程被依法认定为无效后，承包人与发包人之间就不可避免的会产生工程款就算纠纷。根据《最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第三条的相关规定，工程款如何结算取决于工程是否竣工验收合格。建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人可以请求参照合同约定支付工程价款。建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
二、工程竣工验收不合格怎么办呢
建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。