法律分析：个人账户余额不会清零，只是农村医保个人交费本来就很低，所以余额一般也很低。除非时间够长了，不然个人账户余额也不会很多。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十二条 国家建立和完善城镇居民社会养老保险制度。 省、自治区、直辖市根据实际情况，可以将城镇居民社会养老保险和新型农村社会养老保险合并实施。
第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。 无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。 新型农村合作医疗的管理办法，由规定。