长期股权投资在个别报表和合并报表中的处理方式存在差异，主要是由于其会计核算方法和合并范围的不同。在个别报表中，当企业采用权益法核算被投资方时，必须考虑内部交易的影响以及投资时点的资产评估差异。投资企业需要根据其在被投资企业中的权益比例，调整“长期股权投资”账户的账面价值。这包括将被投资企业的净利润按权益比例反映在投资损益中，并在收到股利时相应减少投资账面价值。
相比之下，合并报表中，当涉及内部交易时，通常会进行抵消处理，以防止重复计算或遗漏。这种情况下，集团企业不再单独调整长期股权投资，而是将其纳入合并财务报表的整体视角，直接反映被投资单位的综合收益和资产负债。因此，合并报表中并不需要单独考虑内部交易对长期股权投资的影响，而是通过合并过程中的调整来体现。
长期股权投资的核算方法，如成本法或权益法，取决于企业对被投资单位的影响力。小企业通常会根据占有的表决权资本比例或重大影响程度来决定采用哪种方法。当持股比例达到20%或以上且有重大影响时，采用权益法；否则，采用成本法处理。
总之，个别报表与合并报表在长期股权投资处理上的区别主要在于是否需要揭示内部交易的详细信息，以及如何整合被投资单位的财务数据，以提供全面的财务信息。